Les progrès rapides des biotechnologies conduisent à un accroissement exponentiel des données génomiques. Leurs traitements, en dépit des performances également croissantes des ordinateurs, deviennent de plus en plus coûteux. Parmi les solutions pour accélérer les programmes de bioinformatique, l’une d’elles consiste à déporter sur du matériel spécialisé les algorithmes les plus gourmands en temps de calcul. L’exposé présentera les différentes architectures explorées à l’IRISA, de l’élaboration de circuits intégrés dédiés jusqu’au détournement récent de l’usage des cartes graphiques en passant par les architectures reconfigurables.
IRISA / CNRS, Rennes